Eradykacja H. pylori: 40 mg 2 razy na dobę w skojarzeniu z zaleconymi antybiotykami w zależności od przyjętego schematu leczenia. Drugą tabletkę preparatu należy przyjąć 1 godzinę przed kolacją. Leczenie skojarzone trwa 7 dni, w razie potrzeby do 14 dni. Następnie lekarz może zalecić dalsze przyjmowanie pantoprazolu w celu całkowitego wyleczenia choroby wrzodowej zalecając dawkowanie jak w leczeniu choroby wrzodowej żołądka i dwunastnicy.
Choroba wrzodowa żołądka: 40 mg na dobę. Leczenie trwa zwykle 4–8 tygodni. W indywidualnych przypadkach, zwłaszcza u pacjentów, którzy nie reagują na inne leczenie, lekarz może zalecić 80 mg na dobę.
Choroba wrzodowa dwunastnicy: 40 mg na dobę. Leczenie trwa zwykle 2–4 tygodnie. W indywidualnych przypadkach, zwłaszcza u pacjentów, którzy nie reagują na inne leczenie, lekarz może zalecić 80 mg na dobę.
Umiarkowane i ciężkie refluksowe zapalenie przełyku: zwykle 40 mg 1 raz na dobę, w niektórych sytuacjach lekarz może zalecić 80 mg na dobę. Leczenie trwa zwykle 4–8 tygodni.
Zespół Zollingera i Ellisona oraz inne stany chorobowe związane z nadmiernym wydzielaniem kwasu solnego: początkowo 80 mg 1 raz na dobę, następnie dawkę ustala się indywidualnie na podstawie wyników badań wydzielania soku żołądkowego, w razie konieczności możliwe jest krótkotrwałe zwiększenie dawki do ponad 160 mg na dobę. Jeżeli dawki są większe niż 80 mg na dobę powinny być przyjmowane w 2 dawkach podzielonych. Czas trwania leczenia określi lekarz.